銀行アプリから口座振替設定を行った場合、通常は次回の引き落とし分から反映されます。

ただし、お手続きのタイミングによっては、次回の引き落としに間に合わず、次々回以降からの反映となる場合があります。
目安としては、
・毎月の受付締切（例：20日前後）までに手続きが完了した場合
　→ 次回の引き落としから反映
・締切を過ぎた場合
　→ 次回には間に合わず、次々回から反映